ShopifyとAmazonを連携するには？3つの方法と費用、Amazon Payの現状【2026年最新版・元Amazon出身者監修】

「日本で使えるAmazon連携アプリが分からない……」
「Amazon Payが消え、代わりが決まらない……」

元Amazon JapanでEC支援に携わってきた私、南雲が、ShopifyとAmazonを連携する方法を解説します。Shopifyで売れている商品をAmazonにも出したくても、日本で使える連携アプリは見分けにくいのが実情です。決済のAmazon Payは、日本のShopifyでは2025年1月6日で使えなくなりました。本記事では、連携に使える3つの方法と費用、事前の準備、連携後に起きやすい失敗の防ぎ方を公式情報で整理しました。読み終えるころには、自社の販路と体制に合う方法を1つ選べるはずです。

まずは、連携で何ができるのかから見ていきます。

ShopifyとAmazonの連携とは？できるのは出品・在庫・出荷の3つ【3つの方法の全体像】

ShopifyとAmazonの連携とは、Shopifyの商品・在庫・注文を、Amazonの出品とつなぐことです。商品情報や在庫数を二重に入力せずに、Amazonの集客力に自社の商品を載せられます。

連携でできること：商品の出品、在庫と注文の同期、FBA在庫からの出荷

つなげられるのは、出品、在庫と注文、出荷の3つです。どこまでつなぐかで、使う方法が変わります。

• 出品：Shopifyの商品情報をもとに、Amazonに商品を出す
• 在庫と注文：在庫数を両方で合わせ、Amazonの注文をShopifyの管理画面に集める
• 出荷：AmazonのFBA倉庫に置いた在庫から、Shopifyの注文も出荷する

在庫数の同期のような定型作業は、自動に任せてかまいません。人の手を掛けるべきなのは、商品ページや広告など売るための仕事です。連携は、その時間を空けるための仕組みと考えましょう。

連携の方法は3つ。何をつなぎたいかで選ぶ

連携の方法は、次の3つです。出品から始めるか、出荷をまとめたいか、日本語の画面で全販路を管理したいかで選びます。

• 出品から始めたい：Shopify公式の「Shopify Marketplace Connect」
• 出荷をFBAにまとめたい：Amazon公式の「Amazon MCF and Buy with Prime」アプリ
• 楽天なども含めて日本語で管理したい：国内の一元管理システム

注意したいのは、米国向けの機能です。Amazonのアプリには「Buy with Prime」という機能が含まれます。これは米国に拠点を置く事業者が、米国内で使うものです。同じくAmazonが出す「Amazon MCF: US Fulfillment」というアプリもあります。こちらは米国の注文向けなので、日本の事業者は選ばないようにしましょう。

ShopifyでAmazon Payは使える？日本のストアは2025年1月6日で利用終了

日本のShopifyストアでは、Amazon Payを使えません。Shopify公式ヘルプは、2025年1月6日でAmazon Payの外部連携のサポートを終えたと案内しています。

終了したのは外部連携。Shopify ペイメント経由で使える条件は米国の事業者であること

以前の日本のストアは、外部連携の形でAmazon Payを入れていました。終わったのは、この形です。

いまShopifyでAmazon Payを使える形は、Shopify ペイメント経由の1つです。条件は「米国に拠点がある」「米ドルで販売している」の2つです（出典：Shopify公式ヘルプ）。日本の事業者は、この条件に当てはまりません。

Amazon Payを続けたいなら、対応するECカートへの移行と費用を比べる

自社ECでAmazon Payを使い続けるなら、Amazon Payに対応したECカートへの移行が選択肢です。ECカートとは、ネットショップを作る構築サービスのことです。ただし、ECカートの移行は商品データや会員情報の移し替えを伴う大きな判断です。決済1つのためだけに決めず、移行の費用と得られる効果を比べましょう。

※対応するECカートや手数料、審査の流れから確認したい方はAmazon Payの導入方法｜手数料3.9%・審査・5ステップの手順と、自社ECに入れるべきかの判断基準もどうぞ。

Amazonのアカウントで買い物をしたい購入者に届く手段は、もう1つあります。商品そのものをAmazonに出すことです。次の章から、そのための準備と方法を見ていきます。

Amazonとの連携を始める前の準備【出品用アカウント・商品ページ・出荷方法】

どの連携方法も、Amazonの出品用アカウントがあることが前提です。アプリを入れる前に、Amazon側で3つのことを決めておきましょう。

Amazonの出品用アカウントを大口出品で用意する（月額4,900円・税抜）

まず、日本のAmazonで出品用アカウントを作ります。Shopify Marketplace Connectも、販売する国の出品用アカウントを要件にしています。

法人が継続して販売するなら、大口出品が基本です。費用は月額4,900円（税抜）と、売れた商品ごとの販売手数料です。（出典：Amazon出品サービス公式。確認日は2026年10月6日です）

商品ページは既存に紐づけるか新しく作るかを判断する【JANコードと製品コード免除】

自社の商品がすでにAmazonにあるなら、その商品ページに出品します。無ければ、新しい商品ページを作ります。卸先が先に出品している場合もあるため、商品名やJANコードで検索して確かめましょう。

新しく作るときは、JANコードなどの製品コードが必要です。自社ブランドで製品コードを持たない商品は、製品コード免除を申請できます。ただし、GS1のバーコードをすでに持つ商品は申請できません。申請の条件は、セラーセントラルのヘルプで確認しましょう。

出荷をFBAにするか自社出荷にするかを判断する【MCFを使うならFBAが条件】

Amazonの注文を、FBAで出すか自社で出すかを決めます。FBAなら、梱包と配送をAmazonに任せられます。

Shopifyの注文もFBAの在庫から出したいなら、FBAを選ぶ必要があります。Amazonの公式案内によると、MCFはFBAで販売している商品にしか使えません。Amazonに出品せず、MCFだけを使うこともできない決まりです。（出典：Amazon出品サービス「マルチチャネルサービス」）

ShopifyとAmazonを連携する3つの方法と費用【Marketplace Connect・MCFアプリ・一元管理システム】

3つの方法は、提供元と、つなげる範囲が違います。費用と日本語への対応を並べると、次のとおりです。

Shopify×Amazonの連携方法	提供元	つなげるもの	費用	日本語の画面とサポート
Shopify Marketplace Connect	Shopify	出品、注文、在庫	インストール無料。同期した注文は毎月50件まで無料、超える分は1%（上限は月99ドル）	画面は英語など5言語。日本語での直接サポートなし
Amazon MCF and Buy with Prime（MCFアプリ）	Amazon	Shopifyの注文の出荷、FBA在庫の同期	アプリは無料。出荷ごとにMCFの手数料	画面は日本語に対応。日本語での直接サポートなし
国内の一元管理システム（例：ネクストエンジン、CROSS MALL）	国内のシステム会社	注文、在庫、商品（楽天なども含む）	各社の料金体系による	日本語

ここから、方法ごとに設定の流れと注意点を見ていきます。

方法①Shopify Marketplace Connect：Shopifyから出品し、注文と在庫を同期する

Shopifyの管理画面だけで、Amazonの出品作業を済ませたい事業者に向くアプリです。Amazonへの出品と、注文や在庫の同期をまとめて扱えます。

主にできることは、次の3つです。

• Shopifyの商品から、新しいASIN（Amazonの商品番号）を作って出品する
• すでにAmazonにある出品を、止めずにShopifyの商品と紐づける
• 自社出荷の注文をShopifyで受けて出荷し、追跡番号をAmazonへ自動で返す

対応する国について、アプリのヘルプは「世界のすべてのAmazonサイトに対応」と案内しています。ただし、この案内は数年前に書かれたもので、画面とサポートは日本語に対応していません。インストールは無料なので、日本の出品用アカウントでつながるかを最初に確かめましょう。英語の画面を扱える担当が社内にいるかも、導入前の確認点です。

方法②Shopify用Amazon MCFアプリ：Shopifyの注文をFBAの在庫から出荷する

MCFアプリは、Shopifyの注文をFBAの在庫から出荷するAmazon公式のアプリです。2026年4月に、日本の出品者も使えるようになったとAmazonが告知しました。

設定は、次の4つの順に進めます。

• ステップ1 連携：アプリを入れ、Amazonの出品用アカウントにログインしてつなぐ
• ステップ2 SKUの一致：SKU（商品ごとの管理番号）が両方で同じなら自動で一致し、違えば手作業で結ぶ
• ステップ3 配送オプション：アプリは配送料を計算しないため、アプリで設定するか既存の配送料をコピーする
• ステップ4 自動化とテスト：出荷依頼をShopifyの自動出荷設定かShopify Flowで自動にし、テスト注文を出す

連携の前に、SKUを両方で揃えておくと作業が減ります。テスト注文がセラーセントラルの注文ページに表示されれば、設定は完了です。（出典：Amazonセラーセントラルヘルプ「Shopify用Amazonマルチチャネルサービスアプリ」）

荷物はAmazonのロゴの無い箱で届き、追加料金はかかりません。使えるのは、倉庫に届いている在庫だけです。入荷待ちの在庫は出荷に使われないため、納品のタイミングに注意しましょう。

方法③国内の一元管理システム：日本語の画面で注文と在庫をまとめる

一元管理システムは、複数の販路の注文と在庫を、1つの画面でまとめる仕組みです。画面もサポートも日本語で、楽天市場などAmazon以外のモールも一緒に扱えます。たとえばネクストエンジンやCROSS MALLは、AmazonとShopifyの両方に対応しています。

注文・在庫・商品登録のどこまでつなげるかは、製品とモールの組み合わせで違います。自社の販路すべてで必要な機能に対応しているかを、各社の対応モール一覧で先に確かめましょう。MCFアプリと併用するなら、両方の設定がぶつからないかも確認が必要です。この点は次の章で扱います。

連携したあとに起きやすい3つの失敗と防ぎ方【在庫切れ・カート喪失・二重出荷】

方法を選んで連携できても、運用で失敗すると売上を落とします。支援の現場で特に気をつけているのは、在庫切れ、カートの喪失、二重出荷の3つです。カートとは、商品ページの「カートに入れる」ボタンが付く出品のことです。

失敗①Shopifyの注文がFBA在庫を減らし、Amazonで在庫切れになる

MCFでShopifyの注文も出すと、FBAの在庫はAmazonだけのときより早く減ります。Amazonの販売ペースだけで納品を計画していると、想定より早く在庫が切れます。

在庫切れを起こすと検索順位が下がり、戻すまでに時間がかかるのが支援現場での実感です。目安は、直近の販売ペースで2ヶ月分程度をFBAに置き、残りが1ヶ月分程度で追加納品することです。連携後は、この販売ペースをAmazonとShopifyの合計で出しましょう。

Shopifyでセールをする前は、FBAへの納品を前倒ししましょう。Shopifyの注文が多い商品ほど、Amazonだけで見ていたときとの差が大きくなります。

※補充のルールとMCFの手数料から確認したい方はFBAマルチチャネルサービスとは？料金の決まり方と楽天・自社ECでの使い方、在庫切れを防ぐ運用ルールもどうぞ。

失敗②Shopifyのほうが安いと、Amazonでカートを失うことがある

Amazonの価格がAmazon以外での価格より高いと、カートを取れなくなることがあります。カートは、Amazonの用語では「おすすめ出品」です。

Amazonは、合計価格（販売価格と配送料）をAmazon以外の価格と比べています。比べる相手は、評判の高い小売サイトで最近見つかった最低価格です。上回ると、おすすめ出品の資格を満たさなくなります。（出典：Amazonセラーセントラルヘルプ「価格設定の健全性」）

自社ECの価格は、自社で決められます。Shopifyで価格を動かすときは、次の2点を確かめましょう。

• セールや値下げをする日に、Amazonの価格も見直す
• 送料無料の条件が違うときは、配送料を含めた合計で比べる

Amazonの価格を下げて合わせると、その分だけ利益が削られます。両方の価格を同じ表で管理し、値下げの前に利益が残るかを確かめましょう。

※カートを失ったときの確認画面と、解除の手順から確認したい方はAmazonの価格の公正性とは？適正な価格設定ポリシーの禁止事項4つと、出品停止・カート喪失の解除手順もどうぞ。

失敗③注文管理システムとMCFアプリの設定がぶつかり、二重に出荷される

注文管理システム（OMS）を使っているなら、MCFアプリと併用する設定が要ることがあります。Amazonのヘルプは、OMSごとに二重出荷を防ぐ設定を案内しています。

ヘルプには、OMSを次の3つに分けた一覧があります。

• そのまま使えるOMS
• 設定の調整が必要なOMS
• 使えないOMS

載っているのは海外のシステムが中心です。自社のシステムが一覧に無ければ、Amazonのテクニカルサポートに互換性を問い合わせましょう。（出典：Amazonセラーセントラルヘルプ「Shopifyの注文管理の統合」）

Shopifyの自動出荷設定も、OMSによっては使えない場合があります。その場合は、Shopify Flowなどで、MCFで出す注文だけを自動で依頼する方法が案内されています。（出典：Amazonセラーセントラルヘルプ「マルチチャネルサービス出荷依頼の自動化」）

本番の前に、MCFで出す商品と自社倉庫から出す商品で、テスト注文を1件ずつ流しましょう。それぞれが1回だけ出荷されることを確かめてから、本番に切り替えます。

連携のあとAmazonで売上と利益を伸ばす運用【レビュー・利益の試算・体制】

連携はスタート地点です。Shopifyで売れている商品でも、Amazonでは評価も販売実績もゼロから積み上げます。

Amazonの商品ページはレビュー0件から始まる。まず10件を目指す

Shopifyで集めた評価は、Amazonの商品ページには載りません。新しく作ったページは、レビュー0件から始まります。

支援の現場では、レビューの数と購入率の関係は階段状だと見ています。1件目と10件目を超えたところで、購入率が上がりやすくなります。まずは10件を目標にしましょう。特典と引き換えにレビューを頼むことは、Amazonの規約で禁じられています。

検索順位には直近の販売個数が強く効く、というのが支援現場での実感です。立ち上げ期は、Amazon内の販売を途切れさせないことを意識しましょう。

Amazonの手数料を引いても利益が残るかを計算し、残る商品から出す

Shopifyで利益が出ている商品でも、Amazonで同じだけ残るとは限りません。Amazonでは、販売手数料とFBAの手数料、広告費が加わるためです。

FBAの配送代行手数料は、商品の単価によって売上の10〜15%程度を占めるのが現場の実感です。販売手数料と原価を合わせて試算し、広告に使える枠が残るかを確かめましょう。枠が残らない商品は、出さないことも判断の一つです。

粗利が薄い商品は、運用をどれだけ磨いても利益が残りません。原価そのものを見直すなら、製造元への仕切り値の交渉から始めましょう。最初の見積もりは高めに出されることが多いため、支援の現場では少なくとも2回の交渉を勧めています。

社内で回すか外部に任せるかは、在庫と価格を誰が決めるかで考える

2つの販路を持つと、在庫と価格の判断が割れやすくなります。自社ECとAmazonで担当や外注先が分かれていると、セールの時期や値下げがかみ合いません。

任せられる会社があるなら、販路をまとめて1社に任せるほうが効率的な場合が多くなります。外部に任せる場合は、契約前に次の3点を確かめましょう。

• 担当は何名の体制で、誰が実務を行うか
• 在庫と価格を、どちらの販路の担当が決めるか
• 販路ごとの数字を、自社でも見られる形で報告してもらえるか

1社にまとめても、特定の販路だけ伸び悩むことはあります。販路ごとの数字は、自社でも見ておきましょう。

LINK株式会社の料金は、コンサルティングが月額15万円〜、運用の丸投げが月額25万円〜が一つの目安です。月額の最低金額で、広告媒体費は別にかかります。商品数や他の販路の有無で変わるため、実際の金額は個別にお問い合わせください。なお、システムや物流の提供、注文処理の代行は行っていません。

ShopifyとAmazonの連携でよくある質問

Amazonの注文を、Shopifyの管理画面で受けられますか？

自社で出荷する注文は、Shopify Marketplace Connectを使えば受けられます。注文はShopifyに送られ、自社ECの注文と一緒に出荷できます。

FBAで出す注文は、Amazonが出荷まで行います。

MCFで出荷した荷物に、Amazonのロゴは入りますか？

入りません。MCFの注文は、ロゴの無い無地の箱で出荷されます。

納品書には、出品者名と購入者の情報が載ります。

MCFで代金引換は使えますか？

使えません。MCFの代金引換は、2024年9月20日に終わりました。

Shopifyで代金引換を受けている場合は、その注文を自社倉庫から出す設定にしておきましょう。

Buy with Primeは日本で使えますか？

日本の事業者は使えません。Amazonのヘルプは、米国に拠点を置く事業者が米国内で使える機能と案内しています。

日本の事業者がアプリで使うのは、MCFの部分です。

MCFで出荷した注文の返品は、どう受け付けますか？

購入者には、まず出品者に連絡してもらいます。Amazonのカスタマーサービスは、MCFの注文を扱いません。

返品は出品者が受け付けます。希望すればAmazonの倉庫で受けることもでき、これはベータ版での提供です。その場合は、出品者が返品の依頼を作り、購入者に返送用のラベルを送ります。

MCFの手数料は、どこで確認できますか？

セラーセントラルの決済レポートで確認できます。「レポート」から「ペイメント」の「過去の決済情報」を開き、期間を指定して取り出します。

ファイルのO列に、注文ごとの手数料が載っています。Shopifyの管理画面では確認できない点に注意しましょう。

すでにAmazonに出品している商品も、Shopify Marketplace Connectにつなげられますか？

つなげられます。既存の出品を止める必要はありません。

アプリを入れるときの案内に沿って、既存の出品をShopifyの商品と紐づけます。まとめて紐づけることもできます。

まとめ：ShopifyとAmazonの連携は、目的で方法を選び、在庫と価格を両方で見る

ShopifyとAmazonの連携は、出品、在庫と注文、出荷のどれをつなぐかで方法を選びます。Amazon Payは日本のShopifyでは使えないため、Amazonの購入者には出品で届けましょう。

連携のあとは、在庫を両方の販路の合計で見込み、価格も同じ日に見直すことが大切です。

LINKのEC支援サービスは、動画でも紹介しています。

参照した一次情報・公式情報

• Shopify Help Center「Activating Amazon Pay with Shopify Payments」
• Shopify Help Center「Shopify Marketplace Connect」
• Shopify App Store「Shopify Marketplace Connect」
• Shopify Marketplace Connect Help「Does Marketplace Connect support all Amazon sites globally」
• Shopify Marketplace Connect Help「What is FBA/FBM?」
• Shopify App Store「Amazon MCF and Buy with Prime」
• Amazonセラーフォーラム公式告知「AmazonマルチチャネルサービスのShopifyアプリをヨーロッパ、日本、カナダで利用できるようになります」（2026年4月）
• Amazonセラーセントラルヘルプ「Shopify用Amazonマルチチャネルサービスアプリ」
• Amazon MCF「Shopify インテグレーション」
• Amazonセラーセントラルヘルプ「一致したSKUを確認し、Amazonのサービスを有効にする」
• Amazonセラーセントラルヘルプ「マルチチャネルサービス出荷依頼の自動化」
• Amazonセラーセントラルヘルプ「Shopifyの注文管理の統合」
• Amazonセラーセントラルヘルプ「フルフィルメント by AmazonとFBAマルチチャネルサービス」
• Amazon出品サービス「マルチチャネルサービス」
• Amazonセラーセントラルヘルプ「価格設定の健全性」
• Amazonセラーセントラルヘルプ「製品コード（UPC、EAN、JAN、ISBN）がない商品の出品」

いずれも2026年10月6日に確認しました。

記事監修

• 公開日:2026年10月6日 ／ 最終更新日:2026年10月6日
• 監修：南雲 宏樹（LINK株式会社 代表取締役 / 元Amazon Japan）
• LINK株式会社は、Amazon公式パートナー（Amazon Ads Verified Partner ほか）で、元楽天ECCも在籍しています。
• 本記事はShopifyとAmazonの公式ヘルプ、およびLINK株式会社の支援実績データを基に作成しました。

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